La coordination générale du programme Evalutil est assurée par la Direction santé travail (DST) de Santé publique France. La responsabilité scientifique d’Evalutil est partagée avec l'équipe EpiCEnE (Epidémiologie Cancer Exposition Environnementale) du Centre Inserm U1219 au sein de l'Institut de santé publique, d'épidémiologie et de développement (Isped) de l’Université de Bordeaux. Les relations scientifiques existantes depuis de nombreuses années entre EpiCEnE et la DST ont abouti en 2007 à la création de l'Essat, équipe associée en santé travail, dont une partie de l'équipe basée à Bordeaux est responsable de l'ensemble des travaux sur le programme. Les développements informatiques sont réalisés en étroite collaboration avec le Centre de recherche et développement en informatique médicale (Credim) de l’Isped. Un Comité de pilotage est composé des représentants de la Direction générale du travail, de l’INRS, de l'ANSES, d'EpiCEnE, du CREDIM et de la DST.
Depuis la création d’Evalutil en 1992, de nombreux organismes ont participé à son évolution : Institut national de la santé et de la recherche médicale (Inserm U139), Institut inter-universitaire de médecine du travail de Paris Ile-de-France (IIMTPIF), Caisses régionales d’assurance maladie (Carsat), Institut national de recherche et de sécurité (INRS), Laboratoire d’étude des particules inhalées (Lépi) et Laboratoire d’hygiène et de contrôle des fibres (LHCF).
Le financement d’Evalutil est assuré depuis 2001 par le Ministère chargé du Travail. La Caisse nationale d’assurance maladie des travailleurs salariés (CnamTS) et le Réseau national de santé publique (RNSP) ont également contribué par le passé au financement.